Déjà mentionnée à la fin du XIIIe siècle dans la liste du Liber Notitiae Sanctorum Mediolani de Goffredo da Bussero, dans laquelle il est précisé qu’à Muggiasca il n’y avait que trois églises, San Lorenzo in Vendrogno a pris le titre d’église paroissiale à partir de 1368, lorsqu’elle a été détachée de la prévôté de Bellano. Elle est ensuite passée sous la juridiction de la paroisse de Primaluna, capitale religieuse de la Valsassina, puis est redevenue dépendante de Bellano suite à l’institution de l’unité pastorale récemment constituée.