Luego pasó por Venecia, Pesaro y Urbino hasta llegar a Roma, donde se incorporó a la Accademia degli Umoristi, consiguiendo el mecenazgo de numerosas personalidades. Cuatro años más tarde pudo finalmente regresar a su pueblo gracias a la intercesión de algunos miembros importantes de la Curia y de un senador milanés.
En 1622 obtuvo una cátedra en la Universidad de Pavía y, gracias al apoyo del presidente del Senado milanés, al año siguiente ingresó en el Noble Colegio de Médicos. A pesar de su compromiso académico, Boldoni dedicó gran parte de su tiempo libre a componer obras literarias.
En junio de 1625 Boldoni regresó a Roma, por recomendación del cardenal Ubaldi de Bolonia, probablemente en busca de algún cargo honorífico; sin embargo, el viaje defraudó sus expectativas. A continuación, ocupó el tiempo de su estancia en Roma trabajando en la corrección de los primeros cantos de la «Caduta dei Longobardi», texto que había comenzado en Pavía. Al final de este desafortunado paréntesis, Boldoni regresó a Lombardía para seguir trabajando en su poema y luego retomó sus cursos en Pavía sin dedicarle demasiado esfuerzo, como él mismo reconoció. Sin embargo, a pesar de ello, en 1628 obtuvo la cátedra más importante de filosofía de la universidad, arrebatándosela a su competidor Nicola Sacco, profesor de la universidad durante más de treinta años.
En 1629, a instancias de sus amigos, Boldoni terminó el octavo canto de la «Caduta dei Longobardi». No obstante, este poema fue modificado posteriormente por su hermano Giovanni Nicolò en 1656, después de algunas reelaboraciones.
Entre finales de 1628 y principios de 1629, el temor a la invasión de los lansquenetes comenzó a extenderse en Lombardía, especialmente por la posible propagación de la peste. Las cartas escritas por Boldoni en esta época son muy importantes. De hecho, hay mucha información detallada, opiniones y noticias que luego serían utilizadas por los estudiosos y por el propio Alessandro Manzoni para conocer la situación de la época. En estas cartas Boldoni describió la violencia de la devastación causada por el ejército invasor, el primer caso de peste en toda regla que se produjo en Chiuso, cerca de Lecco, y la extensión de la calamidad a Bellano, donde se alojaba a menudo en su villa, donde le gustaba pasear por los jardines a lo largo de la Pioverna con vistas al Orrido.
Unos meses antes de su muerte, parece que Boldoni recibió la cátedra principal de filosofía en la Universidad de Padua, sucediendo a Cesare Cremonini. En el invierno de 1629 regresó a Pavía, donde murió el 3 de julio del año siguiente contagiado de peste por su sastre.