En outre, il a été responsable de nombreuses publications allant de l’archéologie étrusque à l’archéologie gréco-romaine, jusqu’à la Renaissance.
Au début de la Seconde Guerre mondiale, de 1942 à 1945, il fut chargé d’encourager et de suivre le refuge au Vatican des œuvres d’art et des chefs-d’œuvre des musées de toute l’Italie. Il s’est notamment occupé des objets en or de Pompéi, du trésor de Saint Marc à Venise, de l’Autel de Saint Ambroise à Milan, des Archives, de la Bibliothèque et des trésors artistiques de Montecassino et des trésors du palais du Quirinal, pour n’en citer que quelques-uns. C’est en effet grâce à Bartolomeo que ces œuvres et bien d’autres ont survécu aux bombardements et aux pillages tentés par les forces d’occupation allemandes. Grâce à ses efforts, une fois la ville de Rome libérée, le lieutenant du royaume Umberto di Savoia conféra à Bartolomeo Nogara le titre de Baron.
Bien que loin de chez lui, Nogara a également consacré de nombreuses études et articles aux territoires du lac de Côme et aux découvertes archéologiques connexes qui ont vu le jour dans ces années-là ; il a notamment consacré des études et des recherches aux travaux de restauration de l’église prépositurale de Bellano, en 1930.
Bartolomeo Nogara est mort à Rome le 19 juin 1954.