Во время Второй мировой войны, с 1942 по 1945 гг., Ногара курировал и обеспечивал эвакуацию произведений искусства и шедевров, которые все музеи Италии переправляли в Ватикан. Вот лишь несколько примеров: он занимался спасением золотых изделий из Помпеи, сокровищницы венецианского собора Святого Марка, алтаря миланской базилики Святого Амвросия, архива, библиотеки и сокровищ искусства из Монтекассино и сокровищ Квиринальского дворца. Именно благодаря Бартоломео эти и многие другие произведения искусства уцелели во время разграбления и бомбардировок, которые велись немецкими оккупационными войсками. За самоотверженный труд наместник Итальянского королевства Умберто Савойский после освобождения Рима удостоил Бартоломео Ногару баронского титула.
Даже оставаясь вдали от родного края, Ногара посвящал многочисленные монографии и статьи территориям возле озера Комо и соответствующим археологическим находкам, обнаруженным в те годы. В частности, он выпустил несколько монографий и исследований в помощь работам по реставрации протоиерейской церкви в Беллано, проводившимся в 1930 году.
Бартоломео Ногара скончался в Риме 19 июня 1954 года.